1、醫療機構病區和非病區的汙水，傳染病區和非傳染病區的汙水應分流，不得將固體傳染性廢物、各種化學廢液棄置和傾倒排入下水道。
2、傳染病醫療機構和綜合醫療機構的傳染病房應設專用化糞池，收集經消毒處理後的糞便排泄物等傳染性廢物。
3、化糞池應按最高日排水量設計，停留時間為24-36h。清掏周期為180-360d。
4、醫療機構的各種特殊排水應單獨收集並進行處理後，再排入醫院汙水處理係統。
（1）低放射性廢水應經衰變池處理。
（2）洗相室廢液應回收銀，並對廢液進行處理。
（3）口腔科含汞廢水應進行除汞處理。
（4）檢驗室廢水應根據使用化學品的性質單獨收集，單獨處理。
（5）含油廢水應設置隔油池處理。
5、傳染病醫療機構和結核病醫療機構汙水處理宜采用二級處理+消毒工藝或深度處理+消毒工藝。
6、綜合醫療機構汙水排放執行排放標準時，宜采用二級處理+消毒工藝或深度處理+消毒工藝；執行預處理標準時宜采用一級處理或一級強化處理+消毒工藝。
7、消毒劑應根據技術經濟分析選用，通常使用的有：二氧化氯、次氯酸鈉、液氯、紫外線和臭氧等。
（1）采用紫外線消毒，汙水懸浮物濃度應小於10 mg/L，照射劑量30-40mJ/cm2,照射接觸時間應大於10s或由試驗確定。
（2）采用臭氧消毒，汙水懸浮物濃度應小於20 mg/L，臭氧用量應大於10mg/L,接觸時間應大於12min或由試驗確定。